Faltam-nos visitar as capelas da Basílica. Comecemos pela capela do Santíssimo situada no transepto do lado do baptistério, revestida a mármore de várias cores, com um  retábulo representando a Última Ceia e uma porta em grade, encimada por um enorme Agnus Dei. O patrono desta capela é hoje, na verdade, o Sagrado Coração de Jesus, cuja imagem, ao centro do altar, está ladeada pelas imagens de Santa Margarida Maria e Santa Rita de Cássia.

A capela do Bom Pastor, no transepto do lado do Evangelho, assim chamada pela pintura do retábulo, onde se venera a Nossa Senhora de Fátima, numa bela imagem esculpida em madeira. Encontra-se ladeada pelas imagens dos Beatos Francisco e Jacinta, de São José e de Santa Filomena e do Apóstolo São Judas Tadeu, que diariamente atrai à Basílica muitos fiéis. Esta capela esteve a cargo da Irmandade de Santa Maria Egipcíaca da Guarda Real dos Archeiros.

Na capela de Nossa Senhora do Rosário, dedicada no Ano do Rosário (2002), são veneradas a imagem de Nossa Senhora do Rosário, Santa Maria Egipcíaca, deslocada da capela do Bom Pastor, Rainha Santa, São Charbel e Santo Padre Pio de Pietrelcina.

Simétrica à capela de Nossa Senhora do Rosário, temos a capela do Bom Jesus do Perdão, com o altar do Beato Nuno de Santa Maria, e onde se veneram também Nossa Senhora de Lourdes, Nossa das Dores e Santa Teresinha do Menino Jesus.

Contígua, a capela da Adoração. Uma adaptação da sacristia da Colegiada  a espaço para a oração pessoal e silenciosa. Sem perturbar quem reza podem admirar-se duas das raras peças trasladadas da anterior basílica, ambas em pedra: um alto relevo servindo de retábulo ao altar e uma preciosa lavanda.

Do fundo da Basílica admiremos o seu tecto, a obra prima do pintor Pedro Alexandrino. Ao centro, de forma apoteótica, o cumprimento do voto de D. Afonso Henriques: sobre dois escudos com as armas de Portugal e dos Cruzados, o nosso primeiro rei, tendo a seu lado Guilherme da Longa Espada, o chefe dos Cruzados, ambos com uma coroa de louro, símbolo da vitória, faz entrega da Basílica a Nossa Senhora, por intermédio do Anjo Custódio de Portugal, São Miguel Arcanjo. Nossa Senhora, com o Menino ao colo, surge rodeada de Anjos e dos mártires da conquista da cidade, com palmas nas mãos.

Nos oito medalhões que rodeiam esta pintura central, estão representados alternadamente, os Evangelistas e os quatro Doutores principais – São Jerónimo, São Gregório Magno, Santo Ambrósio e Santo Agostinho.

Sendo possível, não deixe de visitar a sacristia, contígua à capela de Nossa Senhora do Rosário, e, no primeiro piso, a sala nobre das Irmandades Unidas, notáveis pelos seus estuques, considerados os melhores da época.

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