Do transepto contemplemos o coro alto, assente em oito colunas de pedra. O órgão e o móvel que o reveste, uma magnífica peça em talha dourada, foram construídos pelo organeiro António Xavier Machado e Cerveira.Nos janelões que ladeiam o órgão, rasgados na fachada principal, foram, em 1959, colocados vitrais assinados pela oficina Ricardo Leone, invocando Nossa Senhora da Assunção e Nossa Senhora dos Mártires. No tecto, uma representação do Espírito Santo.  

Os altares laterais evocam, todos eles, as Irmandades e Confrarias que, ao longo dos séculos, foram estando sediadas na basílica.O altar de São Brás, da Irmandade do Glorioso São Brás, além de uma preciosa imagem, tem um retábulo que evoca o martírio do Santo a quem o povo recorre por causa das doenças de garganta.

Também no altar de Santo António, que recorda a Confraria dos Meninos de Coro de Santo António, a evocação do Santo é feita pela pintura do retábulo e pela imagem, sendo certo que a primitiva imagem se encontra na sacristia da Irmandade do Santíssimo Sacramento, representando Santo António ainda criança com as vestes de menino de coro. Segue-se, ainda do lado da Epístola, o altar de Santa Cecília, que está a cargo da Irmandade da mesma invocação.

Do lado do Evangelho, no sentido de quem caminha para a saída, o altar de São Miguel Arcanjo, desde 1183 a cargo da Irmandade do Arcanjo São Miguel e Almas. Serve de peanha à bela imagem um ossário em talha dourada, encontrado intacto entre os escombros da anterior basílica, com as ossadas de alguns daqueles santos heróis que morreram em combate na conquista de Lisboa. O altar de Santiago e de Santa Luzia, é o último do lado oposto ao baptistério. Nele são veneradas duas belas imagens: uma barroca, a de Santa Luzia, a quem o povo pede alívio para as doenças dos olhos; e a imagem do Apóstolo Santiago Maior, uma imagem moderna do escultor andaluz Alberto Germán.

Entre os dois altares referidos, está o altar de Nossa Senhora das Dores que esteve à zelosa guarda da Irmandade de Nossa Senhora das Dores e da Piedade. Além do retábulo com uma representação da Descida da Cruz, existe neste altar uma imagem de Nossa Senhora das Dores e, no supedâneo, a imagem jacente do Senhor Morto, popularmente invocado por Senhor dos Aflitos.

À entrada da coxia lateral direita, a imagem do Mártir Santo Expedito, colocado numa enorme peanha repleta de pequenos ex-votos, testemunho da grande veneração que o povo lhe dedica.

Ainda do mesmo lado, na primitiva capela do Bom Jesus do Perdão, está montada a Loja da Basílica onde poderá adquirir uma recordação da sua visita. Mas antes de entrar, admire uma das obras primas expostas neste Santuário de Lisboa: um Presépio do Século XVIII, da Escola de Machado de Castro. Tem 126 figuras, distribuídas por várias cenas relacionadas com a esperança messiânica e a Encarnação do Verbo de Deus. Depois de restaurado, está exposto desde a Solenidade da Assunção de 2007.

Encimando o arco triunfal, num nicho aberto na parede, um Cristo crucificado em vulto pleno envolvido por um resplendor de ouro. De um e outro lado, sobre as portas laterais, dois quadros recentes, obra do pintor João D. Filipe: dum lado o Beato Bartolomeu dos Mártires, do outro, São Vicente, padroeiro principal do Patriarcado de Lisboa.
 

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