A igreja, no início uma exígua ermida, beneficiou de três grandes campanhas de obras antes do terramoto de 1755: de 1598 a 1602, foi acrescentada no comprimento e na altura; de 1664 a 1710 construíram-se capelas laterais simétricas às que já existiam no lado do Evangelho, fizeram-se grandes melhoramentos na capela-mor e todo o templo foi muito embelezado com revestimentos a mármore com embutidos. Finalmente, a terceira grande campanha de obras teve início em finais de 1746 e terminou cinco anos antes do terramoto, em 1750. Graças à generosidade de Gonçalo Pacheco Pereira foi possível acrescentar 12 palmos na altura do templo. A actual imagem de Nossa Senhora do Mártires data também deste restauro. Francisco Vieira Lusitano pintou o tecto da nave e João Grossi embelezou todo o templo com estuques belíssimos.

A acção pastoral da Paróquia era intensa, com particular visibilidade nas obras de caridade. Anualmente era distribuída apreciável quantia em dotes atribuídos a meninas pobres destinados ao casamento ou ao ingresso na vida religiosa e um grupo de médicos dava consultas a enfermos pobres e prescrevia os remédios que eram depois adquiridos a expensas das Irmandades. Refira-se ainda a verba destinada a apoiar sacerdotes de parcos recursos e à educação de 12 Meninos de Coro que, a troco da sua participação nas principais festas, as Irmandades unidas tinham a seu cargo.

As Irmandades exerciam também a caridade no sufrágio das almas dos irmãos falecidos e das almas do Purgatório, missão específica da Irmandade de São Miguel e Almas, criada na Paróquia em 1183. Cuidavam ainda do esplendor das festas litúrgicas. Tinham particular solenidade a Festa da Padroeira, a 13 de Maio, antecedida da Novena, o Corpus Christi, com exposição solene do Santíssimo Sacramento, procissão, sermão e vésperas solenes, e toda a Semana Santa, em especial a Sexta Feira da Paixão.

A Colegiada da Basílica, por qualquer particularidade designada por Capelães do Coro, manteve-se até à implantação da República, constituída desde 1733 por 6 capelães, 2 meninos de coro e um organista. Assegurava o cântico litúrgico para dignificação do culto divino e, à semelhança do que sucedia nas catedrais, a recitação das horas canónicas.

Uma inscrição no baptistério, que ainda se mantém, indica a primazia deste templo: "nesta Paróquia se administrou o primeiro Baptismo depois da tomada de Lisboa aos mouros no ano de 1147". No decurso de tantos séculos, na sua pia baptismal foram baptizados muitos príncipes, princesas e muitas outras pessoas de distinção, entre elas o Arcebispo de Lisboa D. Luís de Sousa, o Beato Frei Bartolomeu dos Mártires e, mais perto de nós, Fernando Pessoa, que chamava aos sinos da Basílica o "sino da minha aldeia".

A TRASLADAÇÃO

Depois das obras de ampliação e restauro concluídas em 1750, a Basílica dos Mártires era o orgulho da cidade de Lisboa. Uma belíssima igreja barroca! As dimensões e a estrutura mantiveram-se na actual Basílica, após a trasladação.

Na capela-mor estava a sagrada imagem de Nossa Senhora dos Mártires, a mesma que continua à veneração dos fiéis e que nos dias de festa usava o rico vestido de brocado oferecido por D. João V. O sacrário, que durante muito tempo esteve também na capela-mor, manteve-se na capela do Santíssimo mandada construir por D. João III e dedicada a 13 de Maio de 1555, muito melhorada nesta última campanha de obras.

Do lado do Evangelho, além da capela do Santíssimo, os altares laterais estavam assim distribuídos: Almas, São Miguel, Menino Jesus, São Brás e, mais perto da porta, antes do baptistério, Santo António; do lado da Epístola, pela mesma ordem: Santa Catarina do Monte Sinai, Nossa Senhora da Piedade, São Gonçalo, Nossa Senhora da Graça e São Marçal.

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